Leczenie łojotokowego zapalenia skóry głowy ma na celu przede wszystkim opanowanie stanu zapalnego oraz hamowanie rozwoju grzybów Malassezia, które wprawdzie fizjologicznie występują w skórze człowieka, natomiast u osób predysponowanych do łojotoku, mogą nasilać proces zapalny.
W związku z tym, że łojotokowe zapalenie skóry głowy lubi nawracać, w celu leczenia choroby stosuje się przez długi okres czasu szampony z cyklopiroksolaminą – substancją wykazującą działanie zarówno przeciwzapalne, jak i przeciwgrzybicze. Alternatywą dla tych preparatów są szampony z ketokonazolem lub ekonazolem – substancją o właściwościach przeciwgrzybiczych. Aby zapobiec nawrotom schorzenia, lekarze dermatolodzy zalecają skuteczną profilaktykę – stosowanie preparatów z siarką, kwasem salicylowym, czy dziegciem.